共有ドメイン制限をしたら社内にも共有ができなくなった。

ファイル共有機能では「ドメイン制限」機能で共有ができるドメインを制限できますが、これは社内ドメインにも適用されます。
そのため、ドメイン制限を有効にする場合は、社内のドメインも併せてご登録を行ってください。

設定手順詳細は下記URL「ファイル共有設定」をご参照ください。
https://navisite.jp/admin/operation-manual/setting