共有ドメイン制限をしたら社内にも共有ができなくなった。

共有便V2では「ドメイン制限」機能で共有ができるドメインを制限できますが、これは社内ドメインにも適用されます。
そのため、ドメイン制限を有効にする場合は、社内のドメインも併せてご登録を行ってください。