削除しようとしたユーザーのライセンスの問題である可能性があります。
例えばアーカイブユーザーライセンスの場合、アプリケーションから権限の削除を行うことができません。
その場合、以下のいずれかの方法にて対応をご検討ください。
①削除したいユーザーに一時的にGoogle Workspace のライセンスを付与する
②管理コンソールの「共有ドライブの管理」からGoogle Workspace 管理者アカウントで権限を削除する
③（許可されている場合）共有ドライブの管理者アカウントで権限削除を実施する